Учебно-материальная и спортивная базы включают в себя спортивные залы для занятий волейболом, мини-футболом, баскетболом, залы для занятий гиревым спортом, армейским рукопашным боем, самбо. В плавательных бассейнах спортивную подготовленность совершенствуют члены сборных команд по плаванию, офицерскому многоборью, военному пятиборью, морскому многоборью, специальному плаванию.

Сборная команда ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» по гребле на шлюпках, гребно-парусному двоеборью является неоднократным чемпионом и призёром Чемпионатов и Кубков России, Вооруженных Сил Российской Федерации, Военно-Морского Флота, города Санкт-Петербурга.

В 2019 году 21 военнослужащему ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» присвоено звание Мастер Спорта России.